本篇目录：
- 1、求用perl或者python提取fasta格式中每个序列从一个位置到另一个位置...
- 2、用BEDtools/Python序列截取
- 3、一个fasta格式序列用python求GC含量
- 4、如何从Genebank.gbk文件中提取faa(蛋白质)、fna(DNA)序列
求用perl或者python提取fasta格式中每个序列从一个位置到另一个位置...
1、cat *.fasta single_all_fasta.fasta 将所有fasta序列整合到一个fasta格式中。
2、close IN；脚本保存为run.pl 序列所在文件假设为 a.fa 你所需要的ID列表所在文件为ID.txt 那么在命令行输入perl run.pl ID.txt a.fa 回车即可 结果将在屏幕打印出来。
3、你指的每个序列都是以gi| test开头的么？那可以按行读进来，判断该行是否是gi| test，如果是，接下来的每一行都单独处理，直到读到下一个gi| test为止。
4、默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 例子： samtools sort accept.bam accept.sort最终产生accept.sort.bam merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。
5、如果用perl来编写统计fasta序列的长度脚本，很简单的几行代码就可以搞定，但是想了想，觉得用python写更时候处理大的文件，尤其是想用python实现多线程处理。
6、在链式存储方式中，要求每个结点由两部分组成：一部分用于存放数据元素值，称为数据域，另一部分用于存放指针，称为指针域。其中指针用于指向该结点的前一个或后一个结点(即前件或后件)。
用BEDtools/Python序列截取
1、bedtools最基本的用法不用提供正负链信息。其实默认的就是截取基因组的区间序列，既然参考基因组是正链，那么默认截取的就是正链序列。如果bed文件有正负链信息，负链的序列就是软件默认情况下截取的序列的反向互补序列。
2、以下运行得到的结果仍然是blast的tabular格式(之后可以经过一些简单的shell命令处理，可转成bed格式，结合bedtools批量提取序列)。
3、需求序列中含有一些数据，我们需要提取其中的值或根据某些标准对序列做删减，解决方案要筛选序列中的数据，通常最简单的方法是使用列表推导式。
4、序列 序列中的索引操作 序列中的元素都是有序的，每一个元素都带有序号，这个序号叫 索引。索引有正值索引和负值索引之分。加乘操作 切片操作 序列的切片（Slicing）就是从序列中切分出小的子序列。
一个fasta格式序列用python求GC含量
1、可见，有 __del__() 函数的对象间的循环引用是导致内存泄漏的主凶。但没有__del__()函数的对象间的循环引用是可以被垃圾回收器回收掉的。
2、在日常分析中，我们常常手上会有一个 Fasta 序列文件，文件可能很小，数十 Kb，也可能很大 数十 Gb。当然，可以使用 TBtools 的 Big File View 进行快速浏览。
3、Sequence ID 大部分的软件，包括seqkit默认将主导的非空格字母作为ID。
4、运行BioEdit，依次打开file open，载入待分析的目的序列。
5、下载安装DNAStar软件包；打开NAStar软件包里的EditSeq软件；在打开的界面里依次点击File、Open，打开所要分析的序列；用鼠标选定打开的序列后，依次点击Goodies、DNAStatistics；此时弹出一个文本框，显示GC含量等信息。
6、请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。
如何从Genebank.gbk文件中提取faa(蛋白质)、fna(DNA)序列
有一点小小的问题给大家提醒一下，我在从gbk文件中提取蛋白质序列时，直接复制了网址中的对应内容，更改文件名之后运行，提示错误。是因为print Dealing with GenBank record %s % seq_record.id 这行没加括号。
PCR扩增克隆法 PCR扩增克隆法是在已知植物基因序列的基础上，进行基因序列克隆的一种方法。先从基因文库（genebank）中找到有关基因序列，据此合成一对寡聚核苷酸引物，从植物中提取染色体DNA或RNA，进行PCR扩增。
)搜索蛋白质。中括号中为该蛋白的种属信息，选择合适的蛋白质查看详情。选定结构后，下载该蛋白的序列信息；2)也可将搜索选项设置为“Structure”，搜索相关结构信息；3)序列比对得到相关蛋白序列后，也可通过“tblastn”模块，比对相似序列。
目前已经知道了很多植物基因的序列，当克隆类似基因时可先从Genebank库中找到有关基因序列，用PCR方法克隆不同植物的基因。
到此，以上就是小编对于python怎么提取数据中的部分数据的问题就介绍到这了，希望介绍的几点解答对大家有用，有任何问题和不懂的，欢迎各位老师在评论区讨论，给我留言。
微信扫一扫打赏
