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如何利用DNAMAN进行多序列比对的同时比对氨基酸(如图)
首先在电脑中打开DNAMAN软件，然后点击File，New，建立新的对话框。在新的对话框中输入需要翻译的碱基序列（可复制粘贴），并同时按住键盘的Ctrl和A将输入的序列选中，如图显示黑色。
简单说，将测序的序列打开，找到你翻译的atg起始，到终止密码子，copy到新的空白文档。load该文档到channel，点击protein一栏中的translation。就有啦。比对，就是将要比的序列分别load到每个channel，点击sequence-allignment。
使用这个功能比较简单，首先是打开这个功能将.ab1文件直接拖拽或通过摁钮选择并放入其中(这里用两个文件做示例)Emm...是的，我并没有将多序列比对应用进去...感觉似乎麻烦。
可以用DNAMAN的多序列比对，输出成emf格式就挺好看的，选项里可以修改一些参数让图好看一些。WORD里面对不齐是因为你的字母是半角格式的，每个字符占的宽度不一样，都改成全角格式就对齐了。
在用DNAMAN的多序列比对时，在弹出的对话框中可能没有选择“尝试使用双链”，包括编码链和非编码连的比对，测序得到的目的片段可能是非编码链（即你目的基因的编码链的互补序列），而NCBI中提交的序列都是编码链的序列。
寻找引物 比对，去除引物序列，找到目的片段。
如何将批量blast结果一一对应
1、先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
2、．打开BLAST 页面，http：// 打开后如图所示：对上面这个页面进行一下必要的介绍： BLAST 的这个页面主体部分（左面）包括了三部分：BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST、Specialized BLAST。
3、根据genid大批量比对拟南芥为：使用BLAST（基于序列的相似性搜索）来进行Genid大批量比对拟南芥。BLAST可以搜索一个或多个序列，并与其他已知序列进行比较，以确定序列之间的相似性。
4、Local alignments 局部比对：尽可能的找到能最优匹配对子区域。多序列比对：常用的软件为： mafft， muscle， clusta-omega， t-coffee等，是全局比对。BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)，结果是局部比对。
5、首先打开软件界面，选择BLAST→BLAST GUI Wrapper→Blast Zone 会出现如下界面 直接将需要BLAST的序列粘贴到input文本框中，选择好输出文件的格式、文件名和位置点击start就可以开始了（超短序列需要选择short mode）。
DNA/RNA序列比对软件整理
在对比对工具进行比较时，通常将其分为DNA比对工具（DNA-seq）和RNA比对工具（RNA-seq）。它们的区别在于是否会考虑跨外显子的比对，即：是否会将没有比对上的reads劈开，对劈开后的两部分再次比对）。
网络搜索下载并安装BioEdit软件。将你所要比对的序列以fasta格式粘贴在文本文档里。BioEdit软件打开文本文档，选中所有的序列，按下图方法选择要打开的标签。
把测序得到的序列贴上去就可以了。http：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 可以对2个序列进行比对，也可以和数据库中现有物种的序列比对。蛋白质氨基酸序列比对等等，很多功能，是目前功能最强大的序列比对系统。
首先在电脑中打开DNAMAN软件，然后点击File，New，建立新的对话框。在新的对话框中输入需要翻译的碱基序列（可复制粘贴），并同时按住键盘的Ctrl和A将输入的序列选中，如图显示黑色。
测序得到基因序列后一般都需要进行序列比对，看和目的序列的差异情况，常用的软件有DNAman，还有invitrogen的vectorVI也不错。此外还可以直接在网上进行比对，推荐NCBI网站的BLAST可以直接网上进行。
怎样对DNA多重序列比对结果分析
1、同步法即同时比对所有序列。首先，确定某个目标函数，使得目标函数反映出每个多序列比对的质量。目标函数值越高，比对性能越好。
2、邻接距离矩阵法( NJ)在系统发育树构建中应用最为广泛，可以较快的构建系统树，同时也比较适合于分析较大的数据集，并可以很快地进行自展检验，但缺点是分析的进化距离不能太大。
3、将你所要比对的序列以fasta格式粘贴在文本文档里。BioEdit软件打开文本文档，选中所有的序列，按下图方法选择要打开的标签。
4、看和目的序列的差异情况，常用的软件有DNAman，还有invitrogen的vectorVI也不错。此外还可以直接在网上进行比对，推荐NCBI网站的BLAST可以直接网上进行。
5、首先，看测序峰图，如果结果的彩图显示峰型是尖锐单一的，碱基所对应的编码是一致的，那么可以判断序列是可以使用的。如果出现双峰，信号中断等异常现象，那么需要重新制备或者克隆后再测序。
6、多序列比对一般通过3个步骤完成：（1）两两进行双重比对。（2）生成一系统树图（dendrogram） ，将序列按相似性大致地分组。（3）使用系统树图作为引导，产生出最终的多序列比对结果。
到此，以上就是小编对于dna多序列比对软件的问题就介绍到这了，希望介绍的几点解答对大家有用，有任何问题和不懂的，欢迎各位老师在评论区讨论，给我留言。
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